公式に掲載されているストーリー
http://game.netmarble.jp/cpsite/novaar/intro/m02_002.asp
「ノバ共和国年代記」という未来の第三次世界大戦以降の歴史書に、記された歴史という設定。
精神力で超能力を引き起こす宇宙人モシュのモシュ帝国は、ノバ共和国を倒し、核戦争で荒廃した地球を復興させて支配した。
エネルギー資源は太陽エネルギー以外枯渇しており、人類は僅かな太陽エネルギーしか
配給されないことに不満をもって反発。地球人類の抵抗軍は、遥か銀河の彼方の穏健派モシュのアルテミス姫と
太陽系への移住を認めるという条件で同盟を組んで、自由連合を結成した。
自由連合の戦闘部隊、革命軍はモシュ帝国の指導者メドゥガンが率いる金属生命体メタリオンと30年に渡る戦争を繰り広げた。
クエストは基本的にoriginalと一緒の内容で、エピソードIの物語内の戦いを描いたもの。
第三次世界大戦でエネルギー資源が全て枯渇させ核戦争で廃墟になった地球。
宇宙から来たモシュ帝国は荒廃した地球文明を再建した偉大な帝国である。
しかし今となっては欲望と戦いがうずまき、倒すべき対象になりさがった。
モシュ帝国のメタリオンとの戦いは30年続いたが、今では全土の2/3が自由連合側になっており
もはやモシュ帝国は虫の息。
モシュ帝国の地球上に残った最後の軍事基地の心臓部ブラックホイッスルを破壊すれば、
モシュの地上拠点は地球にひとつもなくなる。
ブラックホイッスルは太陽エネルギーを源にして、絶えずメタリオンを生産して全力で抵抗してくるだろう。
→基地戦-敵基地撃破
自由連合の勝利によって戦争は終わり、モシュの残党は姿を消して、ノバ共和国の旗のもとで平和が戻った。
しかし地球上には撤退するモシュと合流できずに残留したメタリオンが残っていた。
ノバ共和国は潜在的脅威をなくすべく、メタリオン掃討作戦を行った。
→ユニット戦-敵全滅
午前3時、惑星アトラスにてメタリオンの大規模な奇襲が始まった。
一方、ノバ共和国最高司令部は午前2時50分にこの動きを察知して最精鋭部隊は編成して派遣していた。
援軍が到着するまで残り5分間、メタリオンの猛攻から基地を守り通さねばならない。
→基地戦-5分耐久
メタリオンの奇襲は陽動作戦だった。
最精鋭部隊の派遣に合わせて、地球全土の軍事研究所が襲撃されて研究員のほとんどが死んだ。
そして極秘裏に研究していた遺伝子資料が奪われ、兵器生産の中心人物であるカティウス博士が拉致されてしまった。
博士を失っては兵器生産ラインの復旧が困難になるだろう。
博士の生死を確認して、生存が確認された場合は救出しなければならない。
→ユニット戦-メディック獲得
アイアンガードが惑星アトラスの基地を襲った。
アイアンガードはモシュ帝国の主力兵器に改造を施した強力な戦闘兵器で、
基地よりも耐久力があり、通常兵器での破壊は不可能である。
しかし基地のバックアップなしには動くこともままならないという欠点がある。
また、基地を破壊して戦闘能力を失ったアイアンガードを捕獲して解析したところ
攻撃目標の変更が利かず、基地を狙うアイアンガードがユニットを攻撃することはほとんどないことが判明した。
したがって、速やかに敵基地を発見して破壊しなければならない。
→基地戦-アイアンガード
ノバ共和国の軍隊はアトラスに集結しつつあった。
メタリオンの基地は破壊され、モシュ帝国第二司令ケルベロスは作戦に疑問を持ちつつ
惑星アトラスで最後の抵抗を行うのだった。
→基地戦-敵隊長撃破
メドゥガンは遺伝子資料のを盾にとって、レアとの対決を望んだ。
メドゥガンが居るディバイデッドゾーンには最精鋭メタリオンが待ち受けているが
大部隊を派遣するとメドゥガンは遺伝子資料を葬ってしまうだろう。
少数のユニットでメドゥガンを倒して遺伝子資料を取り返さねばならない。
→ユニット戦-敵部隊撃破
エピソードIでの勝利によって再建されつつあるNOVA共和国内の内戦を描いたもの。
人類は遺伝子資料を使った遺伝子改造によって複数のロボットを遠隔操作して、超常現象を起こすことも可能になっていた。
今まで革命軍として共に戦ったストーン将軍が、太陽エネルギー独占による権力の座を狙って反革命軍を結成。
革命軍と反革命軍による地球人同士の内戦が始まった。
A.R.におけるプレイヤー同士の戦いは、この革命軍と反革命軍の戦いという設定。